Şah Sultan Camii Eyüp Sultan pierreloti mezarlığının tam karşısında haliç deniz kıyısında bulunmaktadır. Camiinin yapımı için bu bölgenin seçilmesindeki sebep, Şah Sultan tarafından Musliheddin Musa Efendi için yaptırılmış harem, tekke, mektep, türbe ve derviş bölümlerinden meydana gelen yapılar topluluğunun bulunmasıdır. Şah Sultan bu yapılara ek olarak Osmanlı imparatırluğunun Baş Mimarı, Mimar Sinan’a Şah Sultan Camiini yaptırmıştır. Kare planlı almaşık taş duvar örgüsüne sahip olan yapının çatı bölümü ve son cemaat bölümü ahşap malzeme kullanılarak yapılmıştır. Şah Sultan Camii 190 yıl sonra meydana gelen 1766 depreminde yıkılmıştır. Daha sonra Sultan 2. Mustafa döneminde uygulanan Restorasyon sonrasında yenilenmiştir. Bir başka Restorasyon çalışmasını ise 1812 yılında Sultan 2. Mahmut döneminde uygulanmıştır. Caminin güneydoğu bölümünde eklenen türbe (1812) Merkezzade Şeyh Ahmet Efendiye aittir.

Mimar Sinan tarafından inşa edilen Rüstem Paşa Medresesi, Osmanlı Padişahı Kanuni Sultan Süleymanın kızı Mihrimah Sultan ile evlenerek Kanuninin damadı olan Rüstem paşanın isteğiyle yaptırılmıştır. Medresenin yapım yılı kitabesinde 1550-1551 yılları arasında yazıyorsada Atai’de inşa tarihi 1547-1548 yıllarını göstermektedir. Mimar Sinan bu medresenin plan tipini 1488 yılında inşa ettiğini Kapı Ağası Medresesinde uygulamıştır. Sekizgen plan şemasına sahip olan medresenin boyutları 42m x 43m’dir. Kapı Ağası Medresesinin benzeri olmasına rağmen Mimar Sinan bu medresede farklı mimari çözümlerleriylede yapıya yorumunu katmıştır. Sekizgen çapa sahip olan yapıda revakların arka bölümlerine 22 oda yerleştirmiştir. Kareden sekizgene geçişi sağlayan köşe odalar Mimar Sinan tarafından sadece Rüstem paşa medresesinde uygulanmıştır. Osmanlıdan günümüze ulaşan bu yapı boyutları, yapımı ve görünüşüyle Mimar Sinanın yaptığı gösterişli Osmanlı eserlerindendir.
Rüstem Paşa Medresesi günümüze ulaşıncaya kadar pek çok restorasyon çalışmasından geçirilmiştir. (1843,1868,1893,1903,1916 ve son olarakda 2009’da başlatılan Restorasyon çalışmaları yapının günümüze özgün halini koruyarak gelmesini sağlamıştır.

İstanbul Eyüp Nişanca mahallesi otakçılar caddesinde bulunan Süleyman Subaşı Mescidi diğer adı ( Karcı Süleyman Mescidi), Mimar Sinan tarafından inşa edilmiştir. Erken osmanlı döneminde yapılan camii Müzzeivr Süleyman Subaşı tarafından yaptırılmıştır. Moloz taş arasına tuğla hatıllı olarak inşa edilmiş olan caminin minaresi yapının sol cephesindedir. Geçtiğimiz yol restore edilen yapı Mimar Sinan tarafından yapılan küçük boyutlu camilerden biridir.

İstanbul Beyoğlunda ilçesi kalyoncuoğlu mahallesi Emin Camii sokakta bulunan Hasan Çelebi Mescidi Emin bey camii ile birlikte yer almaktadır. Yapım yılı bilinmeyen camii Mimar Sinanın inşa ettiği en küçük camiilerden biridir. Özgünlüğünü yitirmiş olan yapının Sinan tarafından yapılan bölümü, küçük şerefeli bir minareden ibarettir. Yapının girişinin kapalı olması sebebiyle görüntü alınamamıştır. Mimar Sinanın camiiye adını verdiği Hasan Çelebinin mezar taşı camiinin avlusunda yer almaktadır. Camiinin bir bölümü günümüzde kuran kursu olarak kullanılmaktadır.

Eyüp Sultan’da yer alan Nişanca Mustafa Paşa Camii (Nişancı Camii de denir), Mimar Sinan tarafında inşa edilmiştir. Camiinin yapım yılı net olarak bilinmemekle birlikte yapı Mimar Sinan genel yapım tarzını yansıtmamaktadır. Eyüp Sultan bulvarından ulaşımı sağlanan Nişanca Mustafa Paşa Camii, Nişanca otobüs durağının tam karşısında bulunan Eyüp-Nişanca Caddesi ile Nimet Sokağının kesiştiği köşede ve altı yolun açıldığı bir meydanın yanındadır. Kıble tarafında meşhur Şeyh Murad Efendi tekkesi camii ve türbesi, onun karşısında ise Otakcılar Hamamı bulunuyordu. Camiin hemen yanında da Rami Sultan II. Mahmud’un bir çeşmesi ile Mehmed Paşa Mektebi yer almaktadır.